1937年7月7日，芦沟桥事件发生，抗日战争全面爆发。11月20日国民党政府宣布迁都重庆。1939年5月5日，改重庆为直辖市，1940年9月6日定重庆为中华民国陪都。
军统局随国民党迁都重庆，为执行蒋介石“攘外必先安内”的政策，大肆发展特务组织，排除异己。1939年春，戴笠为审讯、关押革命者的保密起见，亲自出马到歌乐山下一带选址，选中了原四川军阀白驹的别墅白公馆，用重金买下改为看守所。军统将白公馆改为监狱以后，在院内的墙上写了“进思进忠、退思补过”、“正其宜不计其利，明其道不计其功”等标语。原来的地下贮藏室改为地牢，原防空洞改为刑讯室，一楼一底的住房改为牢房。监狱内设有所长、法官、书记、看守长、传令兵，由交警队守卫。1943年，中美特种技术合作所成立以后，白公馆曾改为来华美军人员招待所，到1946年中美合作所撤消以后又才重新关押革命者。白公馆关押的均属军统认为“案情严重”的政治犯，例如抗日爱国将领黄显声、同济大学校长周均时、爱国人士廖承志、共产党员宋绮云、徐林侠夫妇及幼子“小萝卜头”等。“政治犯”关押最多时达200多人.
