福建深沪湾海底古森林遗迹于1992年被国务院确定为国家级自然保护区。它位于全国著名侨乡——福建省晋江市的东南端，其具体位置为范围线联结点的地理座标是。保护区总面积27平方公里，其中海域面积22平方公里，陆域面积5平方公里。
保护区以保护已有7000多年历史的海底古森林遗迹为核心，还包括海湾内的牡蛎礁和海岸自然地质地貌、名胜古迹、防风林带以及石圳海岸海蚀变质岩自然剖面。
目前，已发现24株古树桩，其中22株在中潮区、2株在低潮区。最大树桩面直径达100厘米，最小为30厘米。树桩露出滩面1—30厘米，时有些被沙淹没，据地震仪测定，古树桩埋藏部分的长度可能为20—25米。
牡蛎礁由大小不同的牡蛎壳胶结而成，据测定，牡蛎的年龄达1万年左右。牡蛎礁分布在古树桩出露区的南面，两者相距约100米，位于中、低潮区。石圳海岸的大圳山是全国少有的变质混合岩典型剖面，包括各种结晶片岩，斜长角闪岩，变粒岩等。
保护区不但具有重大的科学价值，而且还是旅游胜地。保护区气候条件优越，名胜古迹甚多，在其周围有清朝率兵统一台湾名将”施琅博物馆”，有在闽台一带名闻遐尔供奉妈祖娘娘的“深林寺”、“镇海官”、“百公庙”、“崇真殿”、“宝泉庵”，有壁山栈道、烟墩山峰火台、狮峰石刻等。
