南湖自然保护位于甘肃省敦煌市西南70公里的南湖乡境内,东经94度06分-94度09分,北纬39度51分-39度55分之间,面积11.06平方公里。区内地势平坦,海拔1100-1297米,属暖温带干旱性气候,年平均温度9.3摄氏度,年均降水量36.8毫米,天然植被以超旱生灌木状植物为主。主要保护对象为鸟类及湿地生态系统。已知有兽类20种,鸟类76种,属国家重点保护的有黄羊及黑鹳、大天鹅、鸢、红隼等。该保护区位于塔克拉玛干沙漠的东部边缘,有4处小水库,库容294万立方米,年径流量0.99亿立方米,灌溉1333公顷农田,养育着一片绿洲,也为候鸟栖息繁衍提供了理想的自然环境。