鸳鸯洞的科学考察研究价值在于反映云贵高原喀斯特地貌的演化过程和人类发各时期的生态环境。中国地理学会旅游地理专家杨颖瑜对此洞评价很高，认为鸳鸯洞的品位相当高，可与巴马县的百魔洞（天下第一洞）相提并论，洞中松果状石笋林，在全国也是称得上一流的。并认为鸳鸯洞的开发潜力很大，前景可观。广西区旅游局规划处杨永德处长于1998年10月专程到鸳鸯洞考察，称洞中景色为天下奇观，并以溶洞走向和洞物分析的科考方式考察此洞，认为这是一个比较完整的古时代，岩溶发育的痕迹，洞中石笋颜色的层次变化，可记录云贵高原各个时期生态环境的特征。1998年12月，日本三名岩溶专家时考察时，认为此洞很有科学考察价值。
