夹山寺因有奉天明玉和尚而名噪一时。今寺左大路西侧存奉天明玉和尚石塔墓。《石门县志》载：清乾隆十一年至十八年（1746-1753年），沣州知州何璘撰《书李白成传后》一文，云亲自到夹山，见到奉天明玉和尚的遗像，高观深幽目曷鼻，与《明史》所载李自成同，便认定其为自成。文中还分析李自成“舍骑入山”，削发为僧的原因，是“势所不得不然”，又列举了在此前后一系列的史事证明此说无疑。民国初年，章太炎受孙中山派遣作为“湘西劳军使”经石门皂市，访得了李自成《梅花百韵》诗五首。此后阿英《李闯王》剧本也持此说，并进而对李自成死在湖北九宫山之说提出了质疑。1980年石门县文化部门在夹山寺附近获得了许多珍贵实物资料，如奉天明玉和尚墓志、明瓷骨灰坛、《梅花百韵》木刻板等，都说明过去和现在持奉天明玉即李自成之说者不无根剧。今夹山寺一带还流传有“闯王殿”、“玉玺井”等故事。玉玺井传为李自成退出北京城时，将明皇室一颗玉玺带来夹山，因恐官府搜索而弃于此井。雍正间，有寺僧捞出，献于知县，知县转呈于朝，后人即称此井为“玉玺井”。与夹山寺相邻近的天门山，以及大庸、慈利、临沣等县城，都陆续发现一些和奉天明玉有关的文物资料，亦有很多传闻，引起人们莫大的兴趣。李自成隐居夹山时，法名即奉天明玉和尚，在寺院最后一进院所专辟殿堂作为其住所，当地居民称为“金殿”。据同治八年（1869年）《石门县志》载：此处“旧有紫石牌坊，制造壮丽，为当事者所扑碎。”近年在其旧址重建殿堂名“藏经殿”，乡民仍称“金殿”，另有旧时“金殿”对联可证：“马上得来，帝座魂销金殿黯；鹿犹失去，禅居梦醒夹山青。”
令夹山寺闻名于世的另一因缘是碧岩禅学即缘起于该寺。北宋徽宗政和年间（1111-1118年），圆悟克勤大师住持灵泉禅院（夹山寺）时，在碧岩方丈室编著了十卷本的《佛果圆悟禅师碧岩录》，亦称《碧岩录》，并在夹山寺宣讲唱说此“颂古百则”。该书在录“百则”的每一则之前，先加“垂示”以作解题提示；列出“本则”后再逐句评论，介绍公案提出者的简历；并就其警句加以评唱，自作颂语；最后又评唱之，圆悟克勤大师的思想精义和这种独特的传法方式，形成了该寺特有的碧岩禅风，并逐渐流传于国内外。《碧岩录》因而成为中国禅学临济宗的主要典籍，尤其对日本佛教禅宗产生了极大影响，被誉为“宗门第一书”。寺内现有对联赞之：“青嶂为屏，千年禅院兴三学；碧岩著录，十卷宗门第一书”。1998年8月28日，日本佛教文化考察团一行二十余人，在文学博士石井修道团长的带领下，专程来夹山寺寻根问祖，参观碧岩禅的源头——碧岩灵泉和祖师塔，因之有联曰：“僧人碧岩参佛果，客来禅院品灵泉”。
夹山寺于1992年重建，现存佛教建筑主要有大雄宝殿、天王殿、大悲殿、法堂、藏经楼等，其中大悲殿系清初奉天明玉和尚所建。寺内蒇有清朝碑记二通，一为康熙碑记；一为道光碑记。另外，夹山寺还有二座著名佛塔，一为开山祖善会和尚祖师塔；一为碧岩禅创始人圆悟克勤禅师塔。
