明万年14年(1586年),神宗皇帝的母亲慈圣皇太后(肃皇后),虔信佛教敕赐黄龙寺旧刻藏经539函,继刻藏经41函410卷,罗汉书18轴,及唐代铜质佛头一尊和铭文简书《富春山图》二帧,均为元代至正年间珍品,“精雅生动,笔意高古”。明神宗还为此颁发“护藏敕”,诏令工部拨专款修建“赐经亭”,并新题“护藏”及“圣母印施藏经赞”。黄龙寺因此在当时而名声大震,“客为看书至,寺以伏龙传,”便是对文人雅士毕至,香客游人如涌的具体描绘。
黄龙寺在历史上几经兴衰,清代以后均因战乱影响,年久失修,破败不堪。中华人民共和国成立后,庐山管理局贯彻宗教政策,1984年1994年拨专款,不足部分由佛教界人士捐助修复此庙,并报批列为省级重点开放寺庙。