祁连山脉位于中国青海省东北部与甘肃省西部边境。由多条西北-东南走向的平行山脉和宽谷组成。因位于河西走廊南侧，又名南山。西端在当金山口与阿尔金山脉相接。东端至黄河谷地，与秦岭、六盘山相连。长近1000千米。属褶皱断块山。最宽处在酒泉市与柴达木盆地之间，达300千米。自北而南，包括大雪山、托来山、托来南山、野马南山、疏勒南山、党河南山、土尔根达坂山、柴达木山和宗务隆山。山峰多海拔4000～5000米，最高峰疏勒南山的团结峰海拔5808米。海拔4000米以上的山峰终年积雪，山间谷地也在海拔3000～3500米之间。
祁连山东段山势由西向东降低，包括走廊南山-冷龙岭-乌鞘岭，大通山-达坡山，青海南山-拉背山三列平行山系 。其间夹有大通河谷地、湟水谷地和青海湖盆。有冰川3306条，面积2063平方千米。祁连山区的水系呈辐射状：以哈拉湖到东经99°一带为中心，向四周辐射。在山前形成大绿洲。东部海拔2500～3300米分布有寒温带针叶林。森林资源破坏严重，野生动物减少。1987年建有祁连山国家自然保护区。矿藏丰富。狭义的祁连山，指最北的一支的走廊南山和冷龙岭。平均海拔4000米以上。主峰有冷龙岭(4843米)、祁连山(5547米)和疏勒南山(5808米)。
地质
祁连山原为古生代的大地槽，后经加里东运动和华力西运动，形成褶皱带。白垩纪以来祁连山主要处于断块升降运动中，最后形成一系列平行地垒（或山岭）和地堑（谷地、盆地）。自北而南包括 8个岭谷带：①走廊南山―冷龙岭与黑河上游谷地―大通河谷地。②托来山与托来河上游谷地。③野马山―托来南山与野马河谷地―疏勒河上游谷地。④野马南山―疏勒南山（疏勒山）―大通山―达坂山与党河上游谷地―哈拉湖―青海湖―湟水谷地。⑤党河南山（乌兰达坂）―哈尔科山与大哈尔腾河谷地―阿让郭勒河谷地。⑥察汗鄂博图岭（黑特尔山）与小哈尔腾河谷地。⑦土尔根达坂山―喀克吐蒙克山与鱼卡河上游谷地。⑧柴达木山―宗务隆山―青海南山（库库诺尔岭）―拉脊山与茶卡、共和盆地―黄河谷地。
山系西北高，东南低，绝大部分海拔3500～5000米，最高峰为疏勒南山5827米的。山系南北两翼极不对称，北坡相对高度达 3000米，南麓相对高度仅500～1000米。
地貌
山系低山区干燥剥蚀作用盛行，中山区以流水侵蚀为主，高山为寒冻风化作用所控制。祁连山区存在三级夷平面:第一级东段海拔4400～4600米,西段4800～5000米；第二级东段4000～4200米，西段4500～4700米；第三级东段3600～3800米，西段4000～4200米。河谷中发育多级阶地。
古冰川冰碛地貌广泛分布于北坡2700～2800米以上地区。现代冰川下限，北坡为4100～4300米，南坡4300～4500米，且西部较东部高200～300米。近百年来，冰川处于退缩阶段。现已查明祁连山共有冰川3066条，总面积2062.72平方公里。 储水量1320亿立方米。其中走廊南山、疏勒南山和党河南山冰川最多，疏勒南山、土尔根达坂和走廊南山冰川规模最大。
地形
山地宽达400公里，是由7条以上的山脉组成的山系。其间也夹杂有湖盆、谷地，如疏勒河、党河、黑河、大通河和哈拉湖及青海湖等。山峰海拔多在4000米以上，最高峰疏勒南山团结峰海拔6305米。
祁连山的北侧与南侧分别以明显的断裂降至平原。北坡与河西走廊间相对高度在2000米以上，而南坡与柴达木盆地间仅1000余米，狭义的祁连山仅指最北一列。它是黄河和内陆水系的分水岭。山间的谷地、河谷宽广，面积约占山地总面积的三分之一以上，是个水草丰美的牧场。地势较低的大通河谷、湟水谷地，更是青海省的重要农业区。祁连山地多雪峰、冰川，虽然冰川规模不大，但是由于山地广，水量多，河流可直下走廊的干燥地区。因此，融冰化雪，增加冰水，是当地山下发展农业必要的措施。早在清代末期，已有群众上山化冰融水的活动。据1962年统计，祁连山有1619条冰川，面积约1316平方公里，多属大陆型冰川，冰面表碛小，移动慢。但从蓄水量来说，却不算小，如祁连七一冰川，长约30.5公里，冰层厚80米，储水量为1.5亿立方米。祁连由地年降雨总量约500亿立方米，流出只有150亿立方米，所以融冰化雪，可使水量增加，是当地发展农业的重要水源。此外，祁连山脉的林、矿资源也很丰富。
水系
祁连山水系呈辐射－格状分布。辐射中心位于北纬38°20′，东经99°附近的所谓“五河之源”，即托来河（北大河）和布哈河源头。由此沿至毛毛山一线，再沿大通山、至青海南山东段一线为内外流域分界线，此线东南侧的黄河支流有庄浪河、大通河、，属外流水系；西北侧的、黑河、托来河、疏勒河、党河，属河西走廊内陆水系；哈尔腾河、鱼卡河、塔塔棱河、阿让郭勒河，属柴达木的内陆水系；还有、哈拉湖两独立的内陆水系。上述各河多发源于高山冰川，冰川融水补给为主，冰川补给比重西部远大于东部。河流流量年际变化较小，而季节变化和日变化较大。
山系东部以流水侵蚀为主，西部干燥剥蚀作用强烈，高山则以塞冻风化作用为主，明显存在3级夷平面。为中国冰川分面最集中的地区之一，成为众多河流的发源地。
气候
祁连山地具典型大陆性气候特征。一般山前低山属荒漠气候，年均温6℃左右，年降水量约150毫米。中山下部属半干旱草原气候，年均温2～5℃,年降水量250～300毫米。中山上部为半湿润森林草原气候，年均温0～1℃,年降水量400～500毫米。亚高山和高山属寒冷湿润气候，年均温
－5℃左右，年降水量约800毫米。山地东部气候较湿润，西部较干燥。
植被
植被垂直带结构，山地东西部南北坡不尽相同。东段北坡植被垂直带谱(自下而上)：荒漠带(只有草原化荒漠亚带)―山地草原带―山地森林草原带―高山灌丛草甸带―高山亚冰雪稀疏植被带。南坡：草原带―山地森林草原带―高山灌丛草甸带―高山亚冰雪稀疏植被带。西段北坡：荒漠带―山地草原带―高山草原带―高山亚冰雪稀疏植被带。南坡：荒漠带―高山草原带（限荒漠草原亚带）―高山亚冰雪稀疏植被带。
土壤与植被相对应，东段北坡：灰钙土带―山地栗钙土带―山地黑土（阳坡）和山地森林灰褐土（阴坡）带―高山草甸土(阳坡)和高山灌丛草甸土（阴坡）带―高山寒漠土带。南坡：灰钙土带―山地栗钙土（阳坡）和山地森林灰褐土(阴坡)带―高山草甸土(阳坡)和高山灌丛草甸土（阴坡）带―高山寒漠土带。西段北坡：棕荒漠土带―山地灰钙土带―山地栗钙土带―高山寒漠土带；南坡：灰棕荒漠土带―高山棕钙土带―高山寒漠土带。
经济
祁连山区农业主要限于东部的湟水和大通河中下游谷地及北坡的山麓地带，春麦、青稞、马铃薯、油菜、豌豆和瓜菜等，一年一熟。草场辽阔，宜于发展畜牧业，并有大片水源涵养林。有多种药用和其他经济植物,还有不少珍贵动物,如甘肃马鹿、蓝马鸡、血雉、林麝等。
北祁连山有菱铁－镜铁矿、赤铁－磁铁矿；祁连山东段有黄铁矿型铜矿；肃北和酒泉南山一带有黑钨矿石英脉和钨钼矿，是中国西部钨矿蕴藏丰富的地区之一。位于甘、青两省交界处的祁连山自然保护区，面积23万余公顷，1988年划为国家级自然保护区。
