王家坪革命旧址分为南北两院，南院为政治部，北院为司令部。1937年10月，中央军委决定成立总政治部，任命任弼时为主任，次年10月，王稼祥接任政治部主任。1941年1月，中共中央政治局决定；中央军事委员会主席团由毛泽东、朱德、彭德怀、周恩来、王稼祥组成，军委实际工作由主席团办理。1943年3月，刘少奇任军委副主席，10月，中共中央又任命彭德怀、王稼祥为军委副主席。1945年8月，由毛泽东等11人组成新的中央军事委员会，军委主席是毛泽东，副主席朱德、刘少奇、周恩来、彭德怀，刘少奇兼任军委总政治部主任，彭德怀兼任军委总参谋长。军委秘书长和中央办公厅主任由杨尚昆担任。在此期间，毛泽东发表了《以自卫战争粉碎蒋介石的进攻》、《集中优势兵力，各个歼灭敌人》、等重要文章。朱德为七大起草了《论解放区战场》的军事报告和撰写了《中国共产党与军事战争》、《克服困难，向前迈进》等文章，1947年4月5月在《解放日报》发表了著名散文《母亲的回忆》。
1947年3月初，蒋介石调集了34个旅23万军队，向延安和陕甘宁边区发动“重点进攻”，并出动了大批飞机轰炸延安。毛泽东镇定自若地坐在窑洞工作，警卫人员请他到防空洞去，他说：“不要紧，窑洞这么厚”。这时，警卫员石国瑞拣了一块弹片给毛泽东看，他接过弹片在手里掂了掂，说：“噢，这个很好啊！可以打两把菜刀用。”1947年3月18日，延安城里已能清楚地听到枪炮声，彭德怀几次催毛泽东撤离，他仍不动。下午，还接见了从山西回援的西北野战军二纵司令员王震。周恩来再次请毛泽东动身，他说：“好吧！吃罢饭再走！敌人要来就请他来吧！我们把窑洞打扫干净，桌椅放端正，茶壶茶杯摆整齐，告诉胡宗南，延安是我们的，我们还要回来的。”一直到下午6时多，毛泽东、周恩来等领导同志才离开延安，踏上转战陕北之路。从此，毛泽东离开生活和战斗了十个春秋的延安。1948年4月22日，人民解放军光复延安。国民党军队仅仅占领延安1年1月零3天。又过了一年，即1949年，中国人民终于推翻了蒋家王朝，建立了新中国。在此期间，发生了不少有影响的事件。1945年8月，日本侵略军宣布无条件投降，八年抗战胜利结束，军委和总部在此举行了庆祝抗战胜利大会。
1945年9月，朱德在军委会议室会见了苏军贝鲁诺索夫中校，并进行了会谈，之后中共中央决定成立东北局，建立东北根据地，这次会谈也就成为中国现代史上件鲜为人知的重大事件。1946年，毛岸英从苏联回国，在毛泽东旧居门前的石桌向父亲汇报了学习情况。毛泽东听后说：“你已经大学毕业了，但学的是书本上的知识，只是知识的一半，你还需上一个大学——劳动大学，在那里你可以学到许多书本上学不到的东西。”这次谈话内容，给人们留下了领袖的楷模形象和深远启迪。当年6月26日，国民党中央航空第八大队三十五中队机长刘善本上尉，不愿为蒋介石打内战，驾驶B24式五三0号飞机起义，从重庆飞抵延安，延安总部在这里举行欢迎晚会，并称赞刘善本驾机起义的义举。1947年3月，彭德怀主动请缨，要求暂时指挥在陕北的两万军队，保卫党中央，毛泽东非常赞同。3月16日中共中央决定组成西北野战军，由彭德怀任司令员兼政委，习仲勋任副政委。彭德怀带领西北野战军抓住战机，以少胜多，一连打胜了著名的青化砭战役、蟠龙战役、羊马河战役、沙家店战役等，经过七战七捷，共歼敌三万余粉碎了蒋介石对陕甘宁边区的重点进攻，有力地配合了全国各战场的军事行动。党中央、毛泽东对彭德怀的指挥才能和取得的辉煌战绩给予很高的评价。毛泽东挥笔重新写下了他初到陕北时对彭德怀同志的赞扬诗：“山高路远沟深，大军纵横驰奔。谁敢横刀立马，唯我彭大将军”。
