新贡噶寺始建于公元十四世纪，由第二世贡噶活佛玛舍登巴所倡建。因当地古称康松扎，所以该寺最初被称作康松扎寺。
寺庙建筑在六巴乡（现改称贡噶山乡）后面一座山的半山腰，后经历代贡噶活佛扩建，现在寺庙占地约四亩多。因为比老贡噶寺晚建约一百多年，所以人们都习惯称六巴乡康松扎寺为新贡噶寺，第二世以后的贡噶活佛大多驻锡在新贡噶寺。贡噶寺是藏传佛教噶玛噶举教派（白教）的三大圣地之一（西藏楚布寺、德格八邦寺、木雅贡噶寺）。
在二十世纪初至五十年代，这里曾出现一位名震康藏的大班智达（藏区对精通藏学五明大学者的称谓）、大学者，他就是第九世贡噶活佛噶玛协珠·却杰生根。第九世贡噶活佛在近代藏传佛教史上称得上是一位赫赫有名的传奇人物，他在对藏传佛教和藏学传播到汉地中作出了重大贡献。他的一生都在兢兢业业地践行他的慈悲愿力，在他的领导下恢复了木雅地区的许多白教道场，并重修贡噶寺，创办木雅显密佛学院，使寺庙宗风重展一新。第九世贡噶活佛在二十世纪三十年代到四十年代曾两次被迎请到汉地弘传密法。他在他在汉地传法区域广泛，弟子众多。
解放后，人民政府对贡噶活佛的学问也很器重， 1953 年中央民族学院聘请贡噶活佛为高级藏文教授，前往北京任教。1954 年贡噶活佛作为列席代表参加了第一届全国人民代表大会。因此贡噶寺在 20 世纪四十年代末到五十年代初曾吸引着众多的汉地求学者来这里学习。而这些求学者大多数都获得了不同程度的修行证量和学习成就，其中许多人后来都成为著名的佛学大师或藏学研究者，都在国内和世界各地弘传佛法和藏学。他们中有普钦法师、陈健民上师、满空法师、楚禅法师、妙空法师、申书文上师（台湾贡噶老人）、根造法师、密显法师、玉明法师、胡亚龙上师、 张承基 教授、 黄蘅秋 居士、 陈济博 居士、 胡月涛 居士等。
