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战国时期至西汉，博尔塔拉先后为塞种、月氏和乌孙的游牧地，后又相继为悦般和西突厥占据。唐朝在此设双河都督府，隶北庭大都护府，唐未至元初属西辽。元时隶属阿里麻里行省，名“博落脱儿”。明为瓦刺游牧地，名“帕刺”，清初为准噶尔部游牧地，后隶伊犁将军府管辖；1888年设精河厅，隶镇迪道，辛亥革命后，于1913年置精河县，1920年置博乐县，1942年又置温泉县。
1949年新疆和平解放。1954年7月13日，博尔塔拉蒙古自治州成立，并相继建立了民族区域自治机构。1984年始设州、县人民代表大会常务委员会。1985年撤销博乐县，成立博乐市。
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