吕祖谦是南宋前期与朱熹、张*齐名的东南道学三大师。当时因父丧丁忧在家，曾在明招山和金华城内泽书院讲学。叶适问他求教，他也非常器重叶适。叶适学业有所成就后，便希望一展抱负。乾道九年（1173），他24岁时到京城临安（今杭州市）向签书枢密院事金华叶衡上书,提出变弱图强的建议，不被重视。于是又到乐清雁山教书。淳熙四年（1177）秋天,他偶然调见翰林学士周必大。周氏很赏识他的才学，便以门客名义保送叶适直接参加两浙东路转运司考试。考试合格。第二年（1178）参加礼部试、殿试，高中进土第二名，俗称榜眼。从此走上仕途。
可是，叶适的仕途颇多坎坷。庆元元年（if9），韩侂胄与赵汝愚争权，韩氏集团以“伪学”罪名驱逐赵汝愚、朱熹等道学人士。叶适亦名列“伪学党”而被罢官。到了嘉泰元年（1201），韩侂胄企图北伐，解除“伪学”党禁，叶适被起用。叶适一向主张恢复中原，文才又高，颇得韩侂胄青睐，升为吏部侍郎。开禧二年（1206）五月，韩侂胃决定北伐。宋军初时取得小胜，后由于四川宣抚副使吴曦叛国投敌，金兵无西顾之忧，全力进攻江淮，宋军战败，江南吃紧。
六月，叶适被任命为宝谟阁待制知建康府（今南京市）兼行宫留守。七月兼沿江制置使，负责防守南京和长江下游。叶适带病到任。正遇一股金兵前锋进抵长江北岸，江北一带人民纷纷南逃，万民争渡，南京震动。在群情惊恐声中，叶适冷静应敌。一方面派人布置接应船只，开放寺院收容难民，并供应柴米；一方面招募民间健儿二百多人，使之夜间过江偷袭敌营、又道兵调将，坚守合肥，破定山之敌，解和州之围，终于迫使金兵退去，使江南一带安定下来。第二年二月，叶适改兼江淮制置使，便在长江北岸的定山、瓜步、石跋3地建立堡坞，并在险要之地修筑山水寨47处，加强长江的防守。七月，堡坞和山水寨全部建成，叶适也因操劳过度，病情加剧，只得请求辞职，回到京城。
十一月，投降派史弥远勾结皇后杨氏，矫旨杀了韩侂胄，向金求和，并打击主战派官员。叶适防守建康，成绩卓著。却落得被参劾而罢官。嘉定元年（1208），叶适59岁落职回乡，从此息影家园，专心著述讲学。死于嘉定十六年正月，享寿74岁。叶适经十六个寒暑，写成《习学记言序目》五十卷，晚清著名学者孙治让推崇说：“此五十卷者，乃水心绝笔之书也。水心论学，在宋自为一家，不惟与洛、闽异趋，即于薛文宪（季宣）、陈文节（傅良）平生所素与讲习者，亦不为苟同，此书论纵横，……其淹博尤非陋儒所敢望”（《温州经籍志》卷十七）。
永嘉之学，自薛季宣、陈博良注重事功之学以来，叶适继承并发展了薛、陈的事功思想，建立起永嘉事功学说体系。其中心是：主张功利，见之事功。在哲学上，叶适明确地认为客观世界是物质的统一体，在政治方面，要求改革内政、在经济方面，主张提高工商业者的政治社会地位。明代著名思想家李贽在《藏书》中赞美他说：“此儒者乃无半点头巾气，胜李纲、范纯仁远矣，真用得！真用得！”
