是伊斯兰教在北京的四大古寺之一，创建于明代永乐十三年（1415），寺的范围以射箭距离为准圈占地基的，其界东起南羊市口，西至浴池胡同，北临西花市街，南到手帕胡同。寺正面朝东，在南羊市口内。现占地面积1,797平方米，现存建筑礼拜大殿是寺中最大的建筑，面积1,098平方米，坐西朝东，前面有敞厅3间，进深4层，屋顶由卷棚勾连搭联接，殿内左右两列殿柱，第四层殿顶建有8角亭用以采光，大殿左右墙壁上原有古兰经文，现已剥落无存。大殿对面有上渝碑亭一座，绿琉璃重檐歇山顶，原放置雍正皇帝御碑，今碑已移出。寺中还有敬古堂、沐浴室、寻月台和经房、住房等。现除寻月台拆除外，其余建筑均保存完整。据本寺残存刻石记载：明、清两代中曾多次修缮，其中崇祯元年（1628）、清康熙四十一年（1702）重修，规模较大。雍正七年（1729）赐御碑并建碑亭一座，乾隆三十二年（1767）因附近失火波及该寺，又1次修建，光绪二十五年（1899）重修1次。寺内现存文物有清康熙二年（1663）裕亲王书“清真”木匾和乾隆五十二年（1787）“真一无二”牌匾各1方，悬挂于大殿敞厅两侧壁面。另外还有雍正七年（1729）御赐碑及乾隆三十五年（1770）《重修礼拜寺碑记》石刻等。辛亥革命时，宋教仁、蔡元培等经常在这里秘密议事，支持孙中山“五族共和，振兴中华”的思想，揭露袁世凯复辟、倒退的阴谋。1912年7月7日中国近代规模最大、影响最深的穆斯林进步团体——中国回教俱进会在这里成立，它以协赞共和，坚持统一，偕同进化，以期巩固国基为宗旨，启自强之思想、振爱国之精神为已任，成为近代中国穆斯林爱国运动之发祥地。1984年花市清真寺被列为区文物保护单位。