三清殿位于武夷宫南100米，原为武夷宫的一个附属建筑。1937年7月，国民党政府在此重新规划建立所谓“赣粤闽湘鄂剿匪军东路军讨逆阵亡将士公墓”。解放后，已将这些塔、碑、公墓等建筑平毁，而中山堂（纪念堂）及围墙、纪念亭等保留迄今。1983年重修，重现当年建筑风采。中山堂内还设有武夷山画院和“名家赞名山”陈列室。1985年还在三清殿前新建一座题额为“渐入佳境”的白色花岗岩的牌坊，结构精巧典雅，上凿有福建省著名书画家潘主兰先生撰并书的对联“如此名山宜第几，相当曲水本无多。”
三清殿是我国道教宫观的主要殿堂，供奉"玉清元始天尊，上清灵宝天尊、太清道德天尊"。明代抗倭名将戚继光于隆庆元年（1567年）冬应召北上时，曾在殿中墙上题诗一首："一剑横空星斗寒，甫随平虏复征蛮。他年觅取封候印，愿向君王换此山。"
三清殿前有一组石碑，其中最高的是刘公神道碑。它连基座高3.7米，宽1.45米，原立于五夫镇刘子羽墓道上，1981年5月移至于三清殿中珍藏。1985年10月被列为省级重点文物保护单位。刘公神道碑详记宋代大儒刘子羽的家世及生平事迹。刘子羽系崇安五夫人，官至右朝议大夫，在江苏镇江知府任上时，因触怒投降派秦桧，被罢职家居。他是朱熹之父朱松的挚友。朱松死时，朱熹年仅14岁，遵父遗嘱，奉母举家投奔刘子羽。刘子羽侍为子侄，精心教诲，终于使朱熹成为一代大儒。为报答刘子羽抚育之恩，朱熹含泪撰文并书写了这篇情真意切，共有3725字的碑文。碑额上的篆字："宋故右朝议大夫充微猷阁待制赠少傅刘公神道碑"，系南宋吏部尚书张式所书。神道碑左边这块诗碑，是明朝万历年间进士龚一清的140字《游武夷记》七言古诗。右边的石碑是清朝正年间崇安县知县刘靖题写的"洞天仙府"和1962年现代文豪郭沫若视察武夷山时抒写的《游武夷泛舟九曲》诗碑：
九曲清流绕武夷，
棹歌首唱自朱熹。
幽兰生谷香生径，
方竹满山绿满溪。
六六三三疑道语、
崖崖壑壑竞仙姿。
凌波轻筏觞飞羽，
不会题诗也会题。
1985年10月有关部门还在三清殿中心堂设立"中美武夷山兰亭学院"（后改为武夷山国际兰亭学院），招收了来自世界各地数百名学员。他们中有大学教授、建筑学家、=电影导演、记者、心理学家等，在武夷山边观光游览边学习中华民族传统文化，深受外籍学员的欢迎。
