六榕寺的建筑布局比较特别，花塔位于庭园中央，且在大雄宝殿的正前方。这保留了古印度早期佛寺以塔为中心的建筑风格，在中国大多寺庙中较为少见。因为，自佛教传入中国后，寺庙建造有了变化，多数以大雄宝殿为中心，佛塔则建在中轴线的旁边了。
参观完佛塔，再到大雄宝殿参观。宝殿是佛寺的正殿，殿内供奉着三尊佛像，每尊高6米、重10吨，是省内最大的古代铜佛像。到此参观的游客可能会问；为什么这规模不很大的宝殿会安装如此巨大的佛像呢？原来这三尊佛像是在清康熙二年（1663年）由平南王尚可喜在建广州大佛寺时铸造的。大佛寺位于惠福东路的龙藏街，广州人俗称“人过大佛寺，寺佛大过人”，这回文中提到的“佛大过人”（比人还大），就是形容这三尊佛像。“文化大革命”时红卫兵破“四旧”，三尊大铜佛被“清出”大佛寺，运到南岸废品仓库，幸而未来得及敲碎抛人熔炉中。粉碎“四人帮”后拨乱反正，落实政策时，六榕寺最早归还寺僧管理。在1983年修建大雄宝殿时市文管部门把三尊大佛从废品堆里抢救出采，供奉在殿内。
这三尊大佛为三世佛。中间的是释迦牟尼佛，左边是阿弥陀佛，右边是药师佛，他们分别代表现在世佛、过去世佛和未来世佛。同时，这三尊大佛各以不同的“手印”代表现在、过去和未来三世的。
中间，释迦牟尼佛左手掌心向上平放在盘膝中间，而右手掌向下垂放在右脚膝盖上，这是代表现在世“说法”的手印。
左边，阿弥陀佛左手掌心向上平放在盘膝中间，右手掌心向上摆放在右脚膝盖上作“接引”印，即欢迎在他面前祷告的人去西方极乐世界享受清福，这是代表过去世“说法”的手印。
右边，药师佛左右两手掌心重叠平放在盘膝中间，为“禅定”印，即静坐凝心专注观望未来，这是代表未来世“说法”的手印。
