过了天王殿，便是一个庭园。庭园正中，是一个色彩艳丽、蔚为壮观的花塔。花塔是六榕寺院中的舍利塔，是寺中最令人瞩目的建筑。因此塔一层层的塔角飞檐，宛如吐苞向天开放的枣红色花瓣，塔刹又酷似花蕊，整座宝塔犹如一支直插蓝天的巨大花柱；再加上塔身红白相间，色彩斑斓，所以人们又习惯地称其为花塔。
花塔的平面呈八角形，外观9层，内设暗层8层，共17层。它是一座仿楼阁式的穿壁绕平座结构的砖木塔，塔高57.6米，是岭南地区现存最高的宋代古塔。塔刹为元至正十八年（1358年）铸。铜质刹柱身上有1023尊浮雕小佛，还有彩云缭绕的天宫宝塔图。千佛铜铸连同顶上的火焰宝珠、双龙宝珠、九霄盘、覆盘以及八根铁链等各种构件，重是超过5吨。
值得一提的是，花塔的根基很有特色。由于古时花塔濒临珠江（旧时珠江宽达2公里），地下水位较高，为了保护塔基，花塔的建造者们先沿着塔基，像打井一样用坚固的花岗岩石砌筑9个水井并相互连环依托，形成一个九井环基，然后在上面建造高塔。北宋和解放后重修时都发现了这个九井环基。经科学测量，现在的花塔塔身虽然倾斜了1.7米，塔基仍然比较稳固。
花塔外观十分漂亮，登上塔顶可以饱览羊城的秀丽风光。传说在南汉时期，皇帝刘（）的宠妃素馨在六榕寺内削发为尼，中秋节之夜宫女们在塔上悬挂璀璨的花灯，方圆十里都能看到。可以想像，是何等的壮观！
