据《东洋史》记载，公元1646年，东科尔四世活佛加木洋嘉措将该 寺从西 康迁来，为了同西康母寺区别，称之为“西宁东科尔寺”，迄今 已有350年的历史。东科尔寺初建 时受到青海和硕特蒙 古首领 顾始汗的支持，势力很快扩大起来，还由于距青海湖近，又处于入藏大道上，成为青海湖祭海蒙藏贵族王公和清朝大臣的馆驿。钦差大臣会见青海蒙藏王公，举行会盟仪式，或宣布朝廷有关法令、处理事务，都在东科尔寺进行，因而备受朝廷重视。清康熙四年，东科尔四 世奉召入京，被朝廷封为“文殊禅师”，任职京师。从此，历世东科尔成为驻京呼图克图，来往于北京、青海和西藏之间。
东科尔寺注重密宗修持，以修供胜乐、密集、大威德三大本的彩粉坛场为最出名。每年农历正月、三月、十月，举行隆重的祈愿法会，修供会、供会、嘛呢会等佛事活动。该寺原有佛堂 一处，新修复的释迦佛殿富丽堂 皇，内有释迦牟尼、无量寿、药师、迦叶等塑像，均出自名匠之手。
清代，该寺建筑规模宏大，正殿大经堂5间，耳殿2间，柏木地板，松板天花，门扇上是兽头铜环，金钉镶嵌。佛祖释迦牟尼及文殊、普贤菩萨、宗喀巴塑像，均为镏金铜像，殿柱红底金龙缭绕，金龙金睛翘尾，凌云欲飞。各种佛像千姿百态，巧夺天工。殿关社火院平如砥。僧舍、库房、伙房、议事房数百间。其中活佛府邸备极精美。1737年（乾隆二年），寺院完工后，从北京购回大小镀金铜像千尊，特建楼阁供奉，实系丹噶尔首屈一指之藏传佛教寺院，遂由乾隆皇帝赐金匾，并正式赐名为“特普天邪丹书林”。由此东科尔寺声誉日著。
该寺院原设有显宗、时轮经院，采用西藏色拉杰巴扎仓教程，僧侣200余人。寺僧注重密宗修持，以修供胜乐、密集、大威德三大本尊的彩粉坛场最为出名。
东科寺在历史上广有寺产，极其富豪，且有很大的政治权势。《丹噶尔厅志》载其“土地之广，田租之多，遍丹邑皆是也。且毗接于西宁县迤西各庄，设立各等苛虐刑罚，权埒官吏而冤横过之。僧徒众盛至百数十人。”该寺管家很有实权，寺主东科尔呼图克图驻京，其“掌财赋收纳之柄者，维管家一人所司，寺僧得为管家权柄数年，家赀累千万金，富雄一乡矣。”
