藏语称“结古顿珠锣”，意即“结古义成洲”。位于鲜结古镇北木它梅玛山，为当地原扎武部落的萨迦派寺院。据传，这里很久以前有一座本教寺院，到元末，本教寺院已不存在，而是两座属噶玛噶举派的小寺（其中一座为尼姑寺），另建有扎武头人的红宫。明洪武三十一年（1398 ），西藏萨迦派大喇嘛当钦哇·嘉昂喜饶坚赞（1376）来此传教，得到扎武头人的支持，原有噶举派二寺僧尼被迫迁往别处，当钦哇在屈来建筑的基础上建成结古寺。历史上，结古寺是玉树北部地区的萨迦派主寺，以建筑宏伟、寺僧众多、文物丰富、多出学者而出名。整个寺院依山势而建，殿堂僧舍错落有致，远望似多层楼阁耸立，主体建筑“都文桑舟嘉措”经堂系由萨迦寺大堪布巴德秋君和嘉那活佛第一世多项松却帕文设计，在德格佐钦寺支持下，扎武迈根活佛主持修建，可容纳1000扎哇诵经。此外，讲经院、大昭殿、弥勒殿、嘉那和文保活佛院等都规模较大，且各具特色。最盛时，全寺成年扎哇多达780人，完德400 多人。曾出过许多有学识的比丘，担任讲经院的堪布，尊为 “喇嘛”（上师 ）。较出名的如 喇嘛囊嘎，著有《般若波罗蜜多释》等5部著作，喇嘛才江是当代玉树名医；喇嘛日霍，擅长历史，著有<<大日如来佛堂志>>及〈〈藏区文物志〉〉等。该寺原藏有嘎阿尼当巴的牦*、八思巴所赠释迦牟尼唐卡、护法面具和檀香度母、古印度铃杵、传为格萨尔用过的钗钹和扎武部落从故居象雄带来的宝刀等。由于结古寺盛名遇逸遐迩，加之地处结古镇，曾来许多名人，1937年藏历十二月一日，第九世群班禅大师却吉尼玛在返藏途中于结古寺圆寂。
结古寺原有3名活佛：扎武迈根·松杰丹增，玉树县巴塘乡人， 1954年被迫还俗在家， 1958年卒，其转世现居印度；文保坚贡亦殁于1958年，其转世住扎武百户在印度所建之结古寺，嘉那活佛，其第一世名多项松却帕文，昌都囊同人，父亲旦正，母亲阿吉，青年时期于峨嵋山、五台山等地居留20余年，清通汉语文，服饰略似和尚，故称之为“嘉那朱古”（汉活佛）。他多才多艺，独创了称为严“多顶求卓”的100多种舞蹈，玉树地区著名的卓舞即源于此。晚年定居结古镇东新寨村东面山坡，并在新寨修建麻尼堆，人称“嘉那麻尼”。该麻尼堆由刻有六字真言的麻尼石垒成，随着历年添加，体积越来越大，至1955年，麻尼石已达25亿块，有“世间第一大麻尼堆”之称。现世嘉那活佛更嘎坚赞，生于1950年。
结古寺于1980年10月30日批准开放。现有经堂2痤，僧舍 220间，寺僧136人（内活佛1人），牛239头，马6匹由更嘎江才主持寺务。
