清代改做启秀阁，成为商州“八景十观”之一。清人王时叙《远山诗草》中赞此阁道：“千峰万岫走商城，金凤山高旧有名，一白菊溪开秀阁，梵声不听听书声”。明初毁于兵燹(xian，音显)，清顺治十八年(公元1661年)建新寺于城西门内，仍号“大云寺”。原寺为“上寺”，新寺称“下寺”。光绪三年(公元1877年)知州李素募捐大举增修，工未竣去任，至光绪二十六年(公元1900年)知州焦云龙始将其全部建成。现存前殿、中殿、后殿各5间，厢房40余间，占地20多亩，屋面经过改建，多失去原貌，唯梁架依旧。三座大殿座北向南，以山门为轴对称，总体布局是一座四合院式的高宇建筑群体。今天当你来到这个清静幽深的寺院，踏上石阶，穿过山门，步人大殿，那红柱画壁，尤其是内侧斗拱间绘制的佛像，栩栩如生，引人人胜。殿外株株苍劲挺拔的古柏，增添了寺院之幽雅。通体墙镶嵌“大云寺”砖饰，浑厚而古朴。元代的一尊石雕造像，束高髻，戴桂冠，裹金裙，披大巾，系薄带，侧身仰面相迎，一佛怀抱小孩，乘坐莲花宝座，玉带飘逸，流云环绕，腾云驾雾，反映了当时佛教的崇高地位和人们对佛教的虔诚。大云寺古而又奇。唐末农民起义首领黄巢率军取道武关，曾宿于此；明末农民起义领袖李自成破商州，也在此驻留整军，后而挥戈东进。游人来寺，莫不感叹寺之宏伟壮观。
