明清时期，五台山佛教发展到了它的鼎盛时代，其突出表现为喇嘛教的兴盛和清朝皇帝频频朝礼五台山。
明太祖朱元璋早年出身僧侣，对佛教自然格外尊崇，对名僧大德恩礼尤加，并建立了一整套僧官机构。他改善世院为僧录司，设左右善世、左右阐教、左右讲经、左右觉义等僧官。这些僧官的品秩都很高。成祖、宪宗、孝宗、武宗、神宗等都严守祖训，也十分尊崇佛教。为了笼络蒙藏少数民族，又十分推崇喇嘛教。明成祖永乐四年（1406），朱棣派人到西藏迎请噶举派名僧哈立麻喇嘛（本名却贝桑波）到京。次年，封为“万行具足千方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，简称大宝法王。哈立麻以“性喜林泉，朝廷之下，恐妨禅业”奏辞。于是，明成祖“乃赐銮舆旌幢伞盖之仪，遣使卫送于五台山大显通寺。”同时，又大兴土木，“命太监杨升重修寺宇，并葺育王所置佛舍利塔（即现在的五台山大白塔），以饰法王之居。”卒后，明成祖又敕命为哈立麻在显通寺法堂塑像奉祀，是为五台山有喇嘛教之始。在明代，五台山的僧官称“钦依提督五台山兼管番汉僧寺”，可见当时五台山佛寺已有“番僧寺”和“汉增寺”之分了。这样，以佛教圣地著称的五台山，在明代又发展成为兼有汉地佛教和藏传佛教（即喇嘛教）的名山了。这为五台山佛教在清代的鼎盛奠定了基础。
有明一代，五台山佛教在皇家的思护下，日益隆盛。憨山德清的例子便可说明之。憨山德清，（1546—1623），俗姓蔡，讳德清，字澄印，全椒（今属安徽）人，十九岁时，在金陵栖霞山出家。二十八岁，“春正月，往游五台，先求《清凉传》，按迹游之。至北台，见有憨山，事甚佳，因问其山何在，僧指之，喜奇秀，默取为号。”从此，便居五台山钻研《华严经》近十年。万历十年（1582），他在五台山显通寺讲论《华严经》，“百日之内，常住上牌一千众”。可见五台山僧侣之众多。当皇太后“遣官于五台”祈求皇储时，德清恰好正准备在显通寺举办“无遮法会”；他抓住这个难得的机会，遂“将所营道场事宜，一切尽归并于求储一事。”第二年，果然皇子降生。从此，德清倍受皇家恩宠，藉此为五台山佛教界取得了诸如优免田赋等许多特权。熹宗天启三年（1623），卒，年七十八，著述有：《华严法界境》一卷，《楞严通义》十卷、《法华通义》七卷、《观楞侧记》四卷、《肇论略注》三卷。憨山德清与云栖株宏、紫柏真可、藕益智旭并称为“明代四高僧”。明万历时，据镇澄编修的《清凉志》记载，五台山“台内佛刹、凡六十四所。台外佛刹，凡三十六所”。寺院林立，颇为繁盛。
清朝建立后，特别尊崇佛教，尤其重视利用喇嘛教来维护对蒙古和西藏的统治。鉴于蒙古和西藏盛行喇嘛教，并十分崇仰文殊菩萨的道场五台山，所以，清朝政府便将五台山开放，供其朝礼。从此，蒙藏两族，朝山者络绎不绝。
清朝的开国皇帝顺治帝，非常信佛，甚至还想出家为僧。康熙，雍正、乾隆和嘉庆四帝都曾多次朝拜五台山。他们朝礼五台山不是为了游山玩水，因为游览五台山的最好季节是盛夏六、七月间，而清帝朝山的时间却在冰封雪飘的农历二、三月间。清朝皇帝朝礼五台山，一是满洲与文殊的词音相谐，因而对文殊菩萨和五台山怀有特殊感情，“澹谒（文殊）金容实为国朝万年丕基之庆。”二是为了“携蒙古藩王同来，从其所欲”，以“示中外一家之心，昭熙朝大同之治”，达到“以黄教绥柔蒙古”的目的。
清圣祖玄烨曾于康熙二十二年二月和九月，三十七年三月、四十一年二月、四十九年二月，五度朝礼五台山。每次朝山，都不顾山高路险和气候严寒，“亲礼五顶，各寺拈香。”他首次朝台返京行至五台县石嘴东的山谷时，“忽有虎伏林莽间，亲挽雕弓射之，虎应弦毙，因抚臣请，赐名射虎川。”后来，遂“发帑金三千一百八十两”，在射虎川建寺名“台麓寺”，是为五台山第二大喇嘛寺。回京后，有感于五台山寺庙年久失修，为了便于蒙藏佛教徒朝礼，“命发帑金三千两，重修菩萨顶大文殊院及南台普济寺、东台望海寺、中台演教寺、北台灵应寺、西台法雷寺。”
清高宗弘历，事事效法康熙，更六度朝礼五台山。乾隆五十一年二月，他第五次朝山时，其时已年逾古稀。“时适值瑞雪霏霏”，因而赋成《至灵鹫峰文殊寺即事成句》一首。他在诗下注释云：“文殊梵经本称曼殊师利。汉藏经内亦或书之。曼殊对音即满珠，今卫藏呈进丹书，均称曼殊师利大皇帝，竺兰空号与我朝国号相符，用徵亿万年无量福祥也。”可见永保满洲贵族江山万世流传，这是清朝皇帝朝礼五台山的一个重要原因。乾隆五十七年三月，其时，乾隆皇帝已经八十高龄，但仍带领蒙古王公第六次朝拜了五台山。
在清代，由于统治者的提倡和鼓励，蒙古族中出家男子竟达到全部人口的百分之四十五；前藏喇嘛寺院就有三千余所，喇嘛达三十余万，而百姓则仅止十二万多户。蒙族和藏族佛教徒对文殊菩萨和五台山的崇仰达到了狂热的程度。“内外蒙古进香者，每年四月至十月，络绎不绝，檀施云集。”“驱驼马牛羊数千里倾诚贡献者，不绝于道。”据文物记载，光绪时，蒙族莫勒郡王阿那达阿沁尔，一次施舍给五台山善财洞寺的财物，仅白银就有一万两。不少蒙藏佛教徒还以死后然把骨灰埋在五台山为幸。
有清一代，五台山的喇嘛教盛极一时，有名的高僧大都是喇嘛僧。其代表当推第二世章嘉呼图克图阿旺罗桑曲旦。章嘉呼图克图是喇嘛教中的一个大转世活佛系统。第一世名扎巴悦色，藏族，生于青海互助红崖子张家，由此而得名。原称“张家活佛”，后嫌“张家”太俗，遂改称“章嘉”。每世转世，要由清廷主持的“金瓶掣签”确定。并须经中央政府予以承认和册封。第二世名阿旺罗桑曲旦，生于明崇祯十五年（1642），“幼育于寺，乃居第五世达赖弟子”。康熙四十四年（1705），受封为“呼图克图”，“灌顶普善广慈大国师”，总管内蒙古佛教事务。由于“西藏蒙古诸王尤相崇信，多所归依”，清政府为了“怀柔蒙古”，晚年便受命住锡五台山。章嘉二世通晓汉、藏、满、蒙四种语言文字和梵文，曾以汉、藏、满、蒙四种文体翻译《大藏经》中的咒语。乾隆五十一年卒，年一百四十五岁，清廷为其隆重安葬，“建塔于（五台山）镇海寺”有的论著把镇海寺章嘉二世墓塔，说成是“十五世章嘉活佛塔”，盖误。殊不知章嘉转世活佛“至清末共传六世”。
明代，五台山“番汉僧寺”由同一机构和僧官统辖。到了清代，由于五台山喇嘛教特别兴盛，所以实行分别管理的办法。喇嘛寺称黄庙（黄教庙），由住在菩萨顶的“钦命管理五台山喇嘛事务掌印扎萨克大喇嘛”统辖。和尚庙则称青庙（青衣僧庙），由设在显通寺的都纲司管理，僧官称“都纲”。雍正时，五台山有规模宏大的黄庙二十六处，“黄衣僧（喇嘛）恒千余人。”嘉庆时，仅菩萨顶就有喇嘛僧五百六十一人。清末，五台山有青庙七十八所，僧侣人数亦在千人左右。
佛教如同其他一切宗教一样，“都不过是支配着人们日常生活的外部力量在人们头脑中的幻想的反映，在这种反映中，人间的力量采取了超人间的力量的形式。”对这种被颠倒了的世界，就是宗教赖以产生和存在的根源。宗教为这种颠倒的世界提供感情上的安慰、道德上的核准和理论上的辩护。佛教也是这样。一方面，佛教用因果报应、六道轮回来解释现实世界的不平等和贫富悬殊的原因，使之在耀眼的灵光圈的保护下，具有神圣不可侵犯的性质，对于统治阶级自然非常有利，因而受到了历代封建王朝的尊崇和推广。另一方面，佛教又宣扬，今世忍受各种凌辱和迫害以及饥饿穷苦而不生怨垠，来世即可升入天堂。这样又给处于水深火热之中的劳动人民以幻想中的幸福，为劳动人民身上戴着的锁链装饰上虚幻的花朵，从而使人们在精神上感到慰藉而不愿扔掉它们。所以，佛教对劳动人民亦有很大的迷惑作用。上述两个方面，是佛教在我国历史上长期受到推崇而广泛流行的原因所在。从北魏到清代的一千多年中，五台山作为佛教圣地备受推崇和景仰，其原因亦在于此。另外，五台山佛教的盛衰，还与封建的政治需要密切相关。正如唐代名僧玄奘所说；“正法隆替，随君上所抑扬。”五台山佛教的兴盛在很大程度上依赖于封建王朝的政治支持和经济扶植。而封建王朝是否大力支持，则又取决于维护其统治的政治需要。所以，五合山佛教始终是在封建政治的巨大影响下发展和变迁的。
