五台山佛教圣地形成后，唐武宗灭佛时，曾遭到严重破坏。五代时，又发生了后周世宗灭佛事件，五台山寺庙“十残八九”，僧侣逃亡殆尽。赵宋王朝为了加强统治，于建隆元年（960）先度童行八千人，停止了对寺院的废毁。一反后周的灭佛政策，对佛教加以适当保护。宋太宗太平兴国五年（980）正月，下诏“重修五台十寺。十寺者，真容、华严、寿宁、兴国、竹林、金阁、法华、秘密、灵境、大贤。”宋真宗景德四年（1007），又“特赐内库钱一万贯再加修葺。”此后，五台山佛教又恢复发展起来。有宋一代，五台山的高僧以太平兴国寺住持真宝最为著名。真宝，代州（今山西代县）人，为五台山僧正司僧正。金兵南下攻宋时，真宝在山中组织僧众习武，协助宋军抗金。钦宗靖康元年（1126），代州失守，金兵攻入五台山，“寺舍尽焚”。真宝率领僧众浴血奋战，后终因众寡悬殊，被金兵所擒。金兵主将使已降金的原代州郡守刘陶劝真宝投降，真宝大义凛然，宁死不屈，最后，“怡然受戮”。他的爱国情操深为世人所钦仰。
蒙古族建立元朝后，对佛教非常尊崇。早在十三世纪初成吉思汗时代，已开始提倡喇嘛教。元世祖忽必烈建立元朝以后，封西藏地区的名僧帕思巴喇嘛为“国师”，不久又尊为“帝师”。“帝师”除做佛事外，还为皇帝和皇亲授戒，并在宗教、文化等方面备皇帝咨询，地位十分显赫。此后，终元之世，每帝都有名僧为其“帝师”。每个皇帝在党极之前，都要由“帝师”灌顶授戒。由于元朝统治者特别尊崇和提倡佛教，因而五台山佛教在元代再次隆盛起来。
有元一代，国家曾多次征调巨大的人力、财力和物力，在五台山大兴土木，营建寺院。提督营建工程的都是元朝的高级官员。据《元史》记载，元成宗元贞元年（1295），“闰四月，丙午，为皇太后建佛寺于五台山。以前工部尚书涅只为将作院使，领工部事；燕南河北道肃政廉访使宗德柔为工部尚书、董其役。以大都、保定、真定、平阳、太原、大同、河间、大名、顺德、广平十路，应其所需。”元武宗至大元年（1308）二月，政府再次“发军千五百人修五台山佛寺”。同年十一月，又“摘军六千五百人供其役”。至大三年（1310），正月，再次增派卒役，“营五台寺，役工匠千四百人，军三千五百人。”仅上述三次见诸记载的征派，军卒工匠总数就达一万二千九百人之众。监察御史李元礼在给朝廷的上疏中说：“伏见五台创建寺字，土木既兴，工匠夫役，不下数万，附近数路州县，供亿烦重，男女废耕织，百物踊贵，民有不聊生者矣。”
元代在五台山修建的佛寺，著名的有大万圣佑国寺、殊祥寺和大普宁寺等。这些寺庙都是闻名全国的大刹。大万圣佑国寺在规模和等级方面，甚至高于洛阳的白马寺。大万圣佑国寺建成时，“帝师”帕思巴向朝廷推荐洛阳白马寺住持文才（姓杨，字仲华，陇西清水人）为该寺住持。文才谦辞目：“居白马寺亦过矣，何德敢主佑国。”可见当时的佑国寺已经位于白马寺之上了。元成宗加封文才为“真觉国师”、“总释源宗，兼佑国（寺）主持事。”是“为五台山佑国寺开山第一代主持。”文才著有《华严恳谈详略》五卷、《肇论略疏》三卷、《慧灯集》三卷等，是元代华严宗名僧。其后，又有弘通佛法之弘教大师。弘教大师（1269－1337），俗姓张，讳慧印，陕西下辩人。元仁宗延佑元年（1314），受命为五台山大万圣佑国寺住持。至治二年（1322），元英宗朝礼五台山时，敕命统辖五台山合山僧众。元文宗时，“授荣禄大夫大司徒银印一品”。元顺帝至元三年（1337）殁，年六十七。谥为“弘教大师”。林子青先生说：“大林了性（？一1321），历游诸方讲席，学贤首教，后从文才至五台，备受启迪。当时喇嘛受朝廷尊宠，所有名僧莫不抠衣接足，乞其摩顶，谓之摄受；了性惟长揖不拜。寂后谥曰弘教。”错将了性当作弘教大师慧印，其定是不同的两个人。
