卓克基土司系清朝乾隆13年第一次“大小金川之役”后授封的，乾隆14年给“长官司”印信。西索长官司为川西著名的嘉绒18土司之一。清末，因土司斯比登年参系黄教喇嘛，不娶无后。1912年过继卓克基土司的汶川瓦寺宣慰司土司之子索观赢承位。今卓克基官寨即索观赢在位时于1935年至1939年复建。
1935年7月初，毛泽东主席率领工农红军长征途中到达卓克基土司官寨中。1936年夏初，红军离开卓克基后，当地反动上层为嫁祸于红军，放火将官寨烧毁。至1937年再度在原基础上重修，即现存卓克基官寨。 今之卓克基官寨系土石木结构建筑，平面略呈方形，正面边37.84米、侧面边长37.20米，占地总面积1400余平方米，全高19.5米。官寨内正面阔七间，进深二间的一楼一底建筑。其底层由大门入内，系门厅。二楼为“外宾厅”，专用接待汉族官商客人等用。顶为平顶，用于沐浴阳光、观赏外景。官寨左、右、后三方为三楼一底的石墙木板房屋，其中左、右两侧的顶部还有一层燎望房。
