据《台湾府志》19卷寺庙篇记载：「水仙宫干隆四年（1739年），建于诸罗县笨港」，迄今已二百四十余年之历史。主祀「水仙尊王」禹帝，为笨港地区郊商、船户捐资共同兴建祀奉，至干隆四十五年（1773年）笨港贡生「林开周」倡起募集距金扩建。嘉庆八年（1803年）笨港遭洪水泛滥之灾，庙宇被水冲毁。嘉庆十九年（1813年）重建于笨南港街，也就是现址。道光二十八年（1848年）笨南、笨北商郊晋顺、金正顺、金合顺发起诸信协建后殿，已祀奉原协天宫「关圣帝君」。庙身的规模为三进四殿，两旁各有一座两层楼高的钢筋混凝土楼房，充作香客大楼用，但是虎边一侧的香客大楼已整栋移至一百公尺外的空地，所以可以完整看到庙侧边整个的轮廓线，而此空地原本有一木材工厂，已经由庙方买下拆除并建厕所及浴室，龙边的香客大楼，一楼有幼儿园及南港村办公室，二楼还是供住宿用。由于香客大楼只见建到拜亭前缘，所以在三川殿旁的两侧各有一亭，龙边为治水亭，虎边为忠义亭。治水亭前有一金炉，金炉至龙边的香客大楼至围墙，搭有面积甚大的棚架，作为节庆祭典时摆设筵席用。
