过山洞旧时器时代遗址：
过山洞位于昭通市城北15公里北闸镇塘房二社过山洞村后40米处。前洞向东稍偏北，洞宽10米有余，最高处约5米，后洞面向东南，略小于前洞。1982年11月，市文物普查队在后洞约20米处发现一些哺乳动物化石和1枚人牙化石。经专家鉴定，哺乳动物化石有东方剑齿象、中国犀、猴等种类，其生存时代为更新世晚期或晚更新世早期。人牙化石是我省首次发现的早期智人化石，定名为“昭通人”。
继发现过山洞后洞内旧时器遗址后，又在前洞左侧发现一个新石器时代遗址。
野猪洞新石器时代遗址：
位于昭通市洒渔乡巡龙湾村公所北300米。洞宽3至4米。高1.5米至3米不等，深10余米；两侧有岔洞，深4至5米。出土器物有石锛、石斧、网坠、夹砂红陶、灰陶；有人下颌骨和野牛、狗等的骨骸。出土器物与过山洞新石器器物比较，石器制作更为粗糙。其文化年代可能早于过山洞遗址。
野石新石器时代遗址：
位于鲁甸县城东郊5公里的桃源乡普芝噜村野石社。遗址面积达1平方公里，集中分布在今野石自然村村口小河两边。文化层厚1.3米，出土器物有夹砂红陶、泥质磨光黑陶、灰陶，遗址内还发现有古墓葬和半地穴式房基。遗址中约有200平方米范围土质呈灰白色，掺杂有大量陶片。野石遗址是迄今云南所发现的新石器时代遗址中规模较大、文化层较厚、破坏较轻的少见的大型村落遗址，有很高的研究价值。1987年12月批准公布为省重点文物保护单位。
马厂新石器时代遗址：
位于鲁甸县城东5公里的茨院乡葫芦口村马厂营。遗址面积达10万余平方米。依山傍水，文化层主要分部在东、南、西方向土丘边缘临水处。西向一方文化层厚达1.3米。又分上下两层：上层褐红色，下层深灰色，均有红色烧土块、木炭屑、陶片。出土陶片500多件，泥质灰陶居多，余为夹沙灰陶、泥质黑陶；可辩认器型有碗、单耳罐、平底瓶、带流瓶、单耳瓶、敛口罐、久形器、长颈小口小底壶、束颈扁鼓腹圆底盂。部分器物施黑色陶衣，为云南出土的新石器时代器物中所仅见。石器有刀、斧，石质坚硬，磨制也比较精细，穿孔技术也达到较高水平。
小东门新石器晚期墓葬：
位于巧家县城中心小东门。晚清迄至民国，此地均为衙署所在。1950年后为县委、县人民政府后院范围。由于地面被建筑物覆盖，从未进行过有计划的勘察、发掘，墓葬面积不详。历年基建，时有器物出土。1984年县科委建房，发现墓葬6座，采集到出土器物3件。陶器质地为夹沙灰陶，平底鼓腹侈口罐。底部有叶脉纹、肩部及口沿为平行划纹。1990年，县人民政府建盖职工宿舍，再次发现石板墓葬，报经省文物管理委员会，择成昭通地区文物管理所和县文物管理所作抢救性发掘。历时27天，发掘面积400平方米，清理墓葬19座，出土陶器、石器、骨器、贝类器物50余件。石棺由自然砂石块镶嵌而成，死者头部一律向南。随葬物已清理已清理、登记，有待鉴定。石板墓葬初步断代为新石器晚期。
除上述古文化遗址外，大关县瓦厂坪、天堂坝、威信县两合岩等处均有古文化遗址发现，可惜未进行系统清理。
