这是仙都景区的灵魂，仙都是江南祭祀黄帝的重要场所。黄帝祠宇的前身称为缙云堂，约建于东晋成帝咸和——咸康年间（公元326-342年）。天宝七年（公元748年）唐玄宗李隆基敕改缙云山为仙都山后，为了纪念轩辕黄帝，改名黄帝祠宇，由著名小篆书法家、缙云县令李阳冰撰额。北宋治平二年（公元1056年），朝廷下旨改为玉虚宫。宣和二年（公元1120年），它毁于战火，后到南宋景定元年（公元1260年）修复。到咸淳三年（公元1267年）两浙转运使潜悦友拨款扩建达到鼎盛，总共占地30多亩。有殿、堂、祠、宫、轩、廊、亭、门等共99间。到了明朝末年，它仅存亭一座。1994年，按《仙都风景名胜区总体规划》，并经国家建设部批准，缙云县人民政府决定重建《黄帝祠宇》，恢复中华民族始祖黄帝“北陵南祠”的格局。黄帝祠宇工程，由清华大学建筑研究中心设计，东阳横店古建筑工程公司施工，一期工程基本建成。该建筑具有盛唐风格，气势恢宏。黄帝祠宇再现了中华民族共同始祖黄帝的神采，重叙了充满神奇魅力的遥远故事，具有很高的艺术价值和纪念意义。黄帝祠宇的重新建成，使仙都风景名胜区重新成为中华民族子孙寻根问祖的重要场所。