1927年蒋介石发动“四一二”政变。胡公冕辗转到达武汉,被派往张发奎的教导团当团长。“七一五”反革命政变后,他奉命率部向南昌进发。途中,南昌起义已经发动。船至九江,党派来接应联络的聂荣臻已在江边等候。胡与聂荣臻商量决定,把部队交给参谋长,胡到上海待命。不久,失去了党的组织关系。
1929年胡公冕返回家乡,组织农民武装与当地红军游击队会合,于1930年3月成立浙南红军游击总指挥部。一度攻进丽水城。5月3日,根据中央103号通知,宣布浙南红军编为中国工农红军第十三军,军长胡公冕,政委金贯真,政治部主任陈文杰。全盛时达到6000余人。5月24日,胡公冕率领红军队伍,在瑞安、平阳农民武装配合下,攻入平阳县城,缴了警察局的枪支,占领县政府,夺取了县政府大印,并且打开监狱,释放被抓群众。6月下旬,在永嘉碧莲击败了李茅十三地的反动武装。打青田、克缙云、夺瓯渠、攻乌岩,红十三军的革命风暴对国民党震动很大,使浙江省保安队和各县反动团练疲于奔命。牵制了敌“围剿”中央苏区与闽浙赣根据地的部分兵力。1932年8月,他秘密潜入温州,在驻温的浙保四团内成立一个兵运小组,红十三军战士进城配合。不料在暴动就要发动的当天,叛徒出卖了机密,胡公冕在群众的掩护下离开浙南前往上海。9月29日凌晨由于叛徒出卖而被捕,押到南京在羊皮巷监狱里关了两年后,被移送南昌,关进总司令行营监狱。在关押期部,夏丐尊、华挺生、胡识因等多方奔走,设法营救。
1936年2月,时任陕西省主席的邵力子,保胡出狱治病。出狱后,随到西安疗养。1936年12月震惊中外的西安事变,以周恩来为首的中共代表团赴西安参加谈判。周恩来派胡公冕去甘肃省固原劝阻胡宗南不要东进。此后,又到西北军和东北军去做工作,为西安事变的和平解决作出贡献。
1937年初夏、1943年4月,胡公冕先后两次,访问延安,受到了毛泽东主席和其他中央领导人的接见。毛主席鼓励他为促进抗日民族统一战线多做工作。1947年冬,胡公冕在周恩来的关照下,同社会部的吴克坚、祁式潜取得联系。上海地下党组织派他策反敌军。1948年初到1949年全国解放前,他多次从上海到西安,劝说胡宗南起义,没有成功。1948年冬,叶芳从南京回温州,途经上海到了胡公冕家。胡公冕劝他弃暗投明。随着形势的发展,叶芳终下定决心,于1949年5月7日起义。
1950年11月,政务院公布胡公冕为政务院参事。1954年起,任国务院参事。曾参加慰问团赴朝鲜慰问中国人民志愿军;多次到外地视察工作。60年代以后,因病不能坚持工作。1979年6月30日辞世,享年93岁。根据遗愿,将部分骨灰护送回家乡,安葬在温州江心屿红十三军纪念碑碑基的土地上。1984年1月8日,中国共产党国家机关委员会批准,追认他为中国共产党党员。