从1999年至今，喇家遗址已连续6年发掘。总发掘面积只有约2500平方米。出土了丰富的陶器、石器、骨器和玉器等各类遗物，共计约千余件。揭露史前灾难遗迹，发现一系列齐家文化最新的文化现象和反映史前社会现象的特殊遗迹。由此重新认识了齐家文化。
喇家遗址概略的工作进展是，1999年作钻探和试掘。探明它是一处超过20万平方米的大型聚落，把原来分为3块的遗址，复原为一个以齐家文化为主的大遗址。试掘发现了宽大壕沟、玉器和碎屑以及房址里出土玉器的现象，掌握了遗址的埋藏和堆积情况，通过一些现象的分析，认为它可能是齐家文化的一处中心聚落。后来的发掘进一步证明了这些认识。
2000年首先在村东北台地发现了灾难遗迹。F3和F4发掘清理出大量人骨遗骸，轰动一时。仅F4内就发现有14具人骨遗骸。许多人骨姿势异常，有的相互扶助，有的大人护佑小孩，怀抱小孩而亡。随后还发现了F7的人骨遗骸和灾难遗迹。在F4北边再次发现一段壕沟；遗址里发现零星墓葬，在墓葬和房址都发现了玉器；在村子中探明，齐家文化房址有广泛分布；并且发现了大石磬。发掘现场上呈现出，灾难发生从而保留下了先民最真实的生活状态，普遍采集了人骨DNA样品，进行最新科技手段的分析鉴定。随之开始了多学科合作的探索，与环境学者一起考察探讨灾难原因，考古发掘和环境考古同步进行。最先发现并认识了黄河大洪水的遗迹及沉积物红土堆积，确认了洪水灾害。
2001年发现了F10的人骨遗骸，清理出房址坍塌和充填堆积的先后地层关系。新发掘村东南台地，发现小广场和奠基、杀祭现象；发现保存较高生土墙体的窑洞建筑，并初步判定出窑洞式聚落分布的格局；发现并且认识了房址里的壁炉形式，认定为烤炉；发现多处地震遗迹（地裂缝、地面起伏、褶皱、塌陷和砂管砂脉、喷砂等）现象，认识推定了地震灾害。在广场硬面下，又探掘到壕沟样态的堆积地层，说明遗址聚落结构有一个早晚的变化。大量地层关系还表明，喇家遗址的灾难，地震在先，洪水在后，一起导致了遗址的毁灭。
2002年继续在小广场范围扩大发掘，揭露更大面积的硬面，同时发现了特殊地面建筑，其中F20是12个柱洞的特殊房址，F21是9个柱洞的干栏式建筑；开始注意到广场北边的土台遗迹和祭祀性墓葬；又发现了广场硬面下的多个墓葬；出土大玉刀。同时，环境考古调查继续向纵深开展，在遗址周围地带发现大范围分布的地震遗迹现象，初步测算烈度和震级；地学考古作出喇家遗址和官亭盆地的地貌图。
2003年继续追踪土台遗迹，扩大发掘，清理出部分土台硬面，搞清楚土台的缓坡覆斗形形制和人工堆筑方式以及特殊加工形式，发现位于土台顶上正中的高规格墓葬，初步认定这是广场上的一个齐家文化祭坛。广场和祭坛及特殊地面建筑构成了一个整体。
2004年的发掘改在遗址西边进行，又有新的发现。在这里继续发现了窑洞式建筑和灾难现象以及因灾难而埋藏在房址里的人骨遗骸，发现灾难遗迹的地层先后关系和堆积特征，确定了与东区相同的埋藏现象和堆积层次以及遗址毁弃原因。进一步证明和检验了喇家遗址的灾难因素与灾难堆积地层关系，了解了西区的埋藏情况、文化遗存、文化现象、灾难现象、尤其是地层层位关系，为下一步扩大发掘和深入全面认识喇家遗址与探索喇家齐家文化社会发展和社会结构，提供了新资料和新思考。
