尕藏寺属藏传佛教萨迦派，是今称多县境内历史最久、规模最大的萨迦派寺院。拒传公元1265年，八思巴大师于此地讲经灌顶，聚集信众万余人，并在上庄收徒一名，授名“嘎阿尼当巴衮噶扎巴”（简称“阿尼当巴”）。1268年，阿尼当巴秉师命创建尕藏寺，并在八思巴讲经处修建“百玛嘎宝”座台，将八思巴所赠释迦佛像一尊、金银汗书写《大藏经》一套、1.5尺高的合金梵塔一座，九尖摇铃一双，视为法宝，供于寺内。在元王朝和八思巴扶持下，该寺因掌有当地法政大权，所以发展迅速。八思巴去世后，嘎阿民当巴衮噶巴还任过元朝帝师，声势显赫一时，清朝以后，该寺屡遭兵乱，寺势渐衰。历史上，该寺是萨迦增的子寺。 尕藏寺的活佛系统主要有阿尼当巴，亦即罗日喇嘛。以八思巴弟子衮噶扎巴为第一世，传十四世。从第二世起，该活佛系统又称“罗日喇嘛”，十四世桑巴僧格今为该寺寺主。
本世纪初，尕藏寺衰微不振，寺僧降至80人，活佛仅二人。五十年代得到恢复发展，至1958年，寺僧增至450人，有大经堂4座，小型殿堂6座，大小活佛拉让6座，1958年后寺院关闭。1963年重新开放，旋于“文革”期间拆毁。1981年，该寺再次批准开放， 在高僧求多、活佛桑巴僧格主持下，殿宇重修，法事再兴。现该寺主要建筑有大经堂、尕钟经堂、千佛殿、释迦牟尼殿、护法神殿、夏日经堂、闭修殿等，并有八宝塔等九座塔。释加殿中的新塑释迦牟尼佛像，宝相巍然，不让前代。该寺原藏文物甚为丰富，如唐王朝赠送吐蕃的释迦牟尼佛像、明永乐年间所铸妙金刚菩萨像、明宣德年间所造铜钹、清乾隆年间所铸无量寿佛像，以及历代中央王朝所颁锦缎封号等，皆有极高价值，惜均焚毁。现尚存八思巴宝座等重要文物，噶尕·阿尼当巴功法牌一块。寺中供有传说迎自印度的佛舍利一粒及僧舍利多粒，珍藏《甘珠尔》、《丹珠尔》等佛经一千余部。
