澎湖水族馆，是为让游客更了解澎湖群岛海域的海洋生态而设立，于87年3月正式开馆。馆中搜罗了澎湖群岛200公里海域内的丰富水族生物，并结合研究工作及国际水准的展示科技，可说是全台最完善的水族馆。 水族馆占地3000余坪，其展示区的规划是由浅海循序进入深海，分为海滨展示区、礁岩展示区、大洋展示区三大部分。依导览动线参观，在第一站海滨展示区中，可见到人工营造的沙质海岸、砾质海岸、珊瑚浅坪等澎湖典型海岸景观，及其间孕育出的各种海洋生物族群，包罗丰富。接着进入绚丽的礁岩展示区，有人造礁岩、珊瑚礁，以及娇艳缤纷的活珊瑚，五彩鲜丽的海葵和小丑鱼、热带鱼优游其中，像一座美丽的海底花园；而各式造型奇特的毒鱼类，则属难得一见，也是观赏的焦点。 而接下来大洋区则是全馆最精彩的游赏重点，内有长达14公尺的拱形玻璃深海底隧道，可从各种角度欣赏隧道内的海洋生物，其中优雅的雪花雅嘴燕魟，就像空中翩翩飞翔的鸟儿，最惹人喜爱；各类大型的石斑鱼和鲨鱼，则令人惊叹不已；还有翻车鱼和其他回游性的鱼类，在头顶、四周游走，仿佛走入瑰丽的海底世界，别有一番惊奇的感受。 二楼则设有特展缸和特展室，定期推出不同主题的展示内容；还设有“触摸池”，可让游人伸手入水，直接体验与水中生物亲密接触的感受。走出室外则有平台，可眺望海景及附近的潮间带生物相；另可搭配视听室每日定时播放的海洋生态影片介绍，或在专业解说员引导下，进一步认识海中生物。
