在台南县西北面靠海的北门乡，亦有一座代天府，称“南鲲鯓代天府”，又称“五府王爷庙”，祀奉李、池、吴、朱、范五姓鸣凤亭和舞龙亭。整个庙宇由代天府、中军府和城隍衙三部分组成。全庙采用大陆运来的石材所建，庙内雕梁画栋，富丽堂皇，被定为台湾省二级古迹。大殿后南有花木扶疏、景致优美的鲲园，是进香游客休憩之地。