明万历《温州府志》称法云院，位于苍南县方圆百里、海拔千米的大玉苍山主峰——龙头岗上。周围林木茂盛，与奇峰怪石相对，为旅游胜地。
南宋咸淳（1265—1275）间三段祖师开山后，建寺三（今唯存法云寺），临终时“断肉身为三，以示神异”，故名。开基建造后，明宣德（1426—1435）间僧真干，清康熙（1662—1722）间僧海谦相继修缮，民国三年（1914）重建，素为全县第一禅林。现大雄宝殿前后石柱，系宋代原建筑遗物。
寺院坐北朝南，由山门（已毁）、放生池、金刚殿、大雄宝殿、及左右配殿组成，占地4000多平方米。大雄宝殿5开间，重檐歇山顶，通面阔14.60米，通进深12米，7架前后廊，为1987年重建。明间3对柱础雕饰人物、花卉等，图案精美，雕刻考究。寺内留存清光绪间铸造大铜钟和小铁钟各一，另有白石水缸、洗、盆和古井。观音阁后有明代“皇朝寿山”四字（字径半米）摩崖题刻。大雄宝殿前立有清干隆间“奉宪勒禁”石碑（林正侯自称其祖先于宋时施田建寺，妄图霸占寺产，县令将林枷责，并勒碑示禁。） 寺外有清康熙间和尚墓一座，墓上有青石砌筑单层小舍利塔，塔身直刻“十方普同塔”5字，塔下是方形墓室，旁有一碑，上刻：“清本山中兴玉云和尚，”保存完整。
1983年列为苍南县第一批文物保护单位。
